San Giovanni Rotondo è adagiato in una conca di origine carsica a 557 metri sul livello del mare.
Il panorame è tra i più suggestivi. Verso il basso prende vita l'immensa distesa del Tavoliere delle Puglie. Sulla sinistra, verso Manfredonia, l'azzurro intenso del mare.
Posta al centro del Gargano, è raggiungibile attraverso attraverso la litoranea per Manfredonia (da Foggia).
S. Giovanni R. è una delle mete della "via Sacra Longobardorum" che fu percorsa, fin dal VI secolo, da milioni di pellegrini in visita alla Grotta di San Michele.